Anime đã được đánh giá rất cao bởi dư luận và đa phần khán giả, tuy nhiên một số fan đặc biệt ghét NGE bởi tính triết lý quá đáng và nội dung u tối của nó. Hai tập cuối của NGE đặc biệt bị các fan hâm mộ lên án là "kết thúc gì mà kỳ cục và dở tệ" và nhiều người còn khiêu khích đe doạ đến tính mạng của tác giả Hideaki Anno. Tuy nhiên, GAINAX đã công chiếu bộ phim The End of Evangelion trên cinema một năm sau đó, cho thấy cái kết khác nhiều yếu tố hành động hơn và được nhiều fan đón nhận hơn. Nhiều cảnh khó hiểu trong 2 tập cuối có liên quan mật thiết đến những sự kiện trong bộ phim chiếu rạp. Có giả thiết cho rằng, Hideaki Anno sản xuất ra The End of Evangelion (và các bộ Rebuild) là để phản bác lại việc nhiều người xem không hài lòng với cái kết của NGE, vốn là cái kết ông hài lòng nhất, và cũng là để phá hỏng chính series mình tạo ra, nhưng hiện chưa có thông tin chính thức về việc này.